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三轮，小组赛参赛球队恢复为32支，均分成8组进行第一阶段小组赛，各小组前两名共16队进入第二阶段的小组赛，第三名进入欧洲联盟杯（欧洲足联欧洲联赛前身，下面简称：欧99足球网联）第三轮；第二阶段小组赛分为4组，各小组前两名共8支球队晋级淘汰赛。2003/04赛季起，取消第二阶段小组赛，第一阶段小组赛各小组两名共16队直接进行淘汰赛。2009/10赛季起，外围赛由3轮资格赛和1轮附加赛组成。2012/13赛季起

淘汰赛 从1/8决赛直到决赛均以主客制两回合进行，若两队在规定时间打成平局，客场进球多的一方将晋级下一轮，否则将会直接以点球决出冠军球队。从2019年赛季开始，决赛改为中立场地举行，采用一场定胜负。巴西的弗拉门戈足球俱乐部在2019赛季决赛中2比1逆转战胜阿根廷豪门河床竞技足99足球网球俱乐部，成为决赛改制后的第一届冠军。

1、2019/20赛季拜仁慕尼黑以11连胜的成绩夺得冠军，成为欧99足球网冠历史上第一支单赛季取得全胜的球队。